Märkämenetelmä on vaativampi ja kalliimpi verrattuna natural-menetelmään.
Ensimmäisessä vaiheessa kahvipavut kuoritaan mekaanisesti tuoreista kahvimarjoista. Kuorimisen jälkeen pavut asetetaan vesisäiliöön fermentoitumaan 1-2 päiväksi. Kahvin mausta tulee hienostunut ja puhtaan makuinen fermentoitumisen synnyttämien entsyymien vuoksi. Fermentoinnin jälkeen kahvi pestään huolellisesti ja kaikki jäljelle jäänyt marja poistetaan kahvipapujen pinnalta. Pesun jälkeen kahvi kuivatetaan kuivatusmyllyssä tai auringon alla patiolla. Kahvipapujen pinnalta poistettu kahvimarja voidaan hyödyntää lannoitteena.
Märkämenetelmä vaatii paljon vettä ja tällä menetelmällä prosessoitua kahvia kutsutaan pestyksi. Pestyt kahvit ovat maultaan hapokkaita ja raikkaita.